El archivo .gitignore se utiliza para indicar a git que ficheros no se deben incluir en el versionado, pero puede darse el caso de querer añadir un nuevo archivo a la lista de ficheros a ignorar que ya se encuentre en el repositorio remoto.
Borrar ficheros
Para borrar los ficheros de un repositorio remoto que se encuentren en un fichero .gitignore
git rm -r --cached .
El borrado se producirá en el repositorio remoto, no en el equipo local.
Aplicando los cambios
Ya sólo falta mandar los cambios al repositorio remoto
git add .
git commit -m "borrando archivos incluidos en .gitignore"
git pushFuente: elblogdelazaro.org